H.Y.D.R.A. es una organización terrorista del universo de Marvel Comics. Esta organización realizó su primera aparición en Strage Tales n.º 135. En un principio comandado por el ejecutivo Arnold Brown, quien fue asesinado por la agencia S.H.I.E.L.D. HYDRA pronto regresaría, esta vez, a cargo del Baron Wolfgang von Strucker, con el apoyo del nazi El Craneo Rojo. Antes de su derrota, muchas de las divisiones de H.Y.D.R.A., resultaron ser independientes y no guardaban relación alguna con ella. La primera división científica de HYDRA fue A.I.M (Advanced Idea Mechanics), quien luego se independizaría. Otras de las divisiones eran THEM y el imperio secreto.
El nombre de esta organización de Marvel, no es un acrónimo pero si tiene relación con la criatura mítica Hidra de Lerna. Los agentes de HYDRA visten un peculiar traje verde.
